哥白尼在1506～1515年间已经写成“太阳中心学说”的提纲——《试论天体运行的假设》，可是《运行》一书却直到1543年他临终时才出版。他在《运行》一书的“序言”里提到这种情况时说：“在漫长的岁月里，我曾经迟疑不决。”

哥白尼对于这本著作的出版，为什么要“迟疑不决”呢？原因就在于他害怕教会对这一新兴科学理论的迫害。

早在哥白尼旅居意大利的时候，教皇亚历山大六世就重新颂布“圣谕”，禁止印行未经教会审查的书籍，可疑的书籍一律焚毁。

1506年哥白尼从意大利归国时，就亲眼看到宗教裁判官对胡斯分子的血腥镇压，许多密谋聚会的人都被抓起来活活烧死。在哥白尼的一生里，波兰国境内至少进行过300次以上的宗教裁判活动。哥白尼也经常受到威胁和迫害，在他担任弗隆堡大教堂修士的瓦尔米亚教区，他舅父务卡施大主教死后，几个继任的大主教都三令五申地“查禁邪教”并对修士们严加监视。他们认为哥白尼是个“叛教者”，直到他临终时，身边还有上司所布置的密探和奸细。

主使迫害哥白尼的，是波兹南宗教裁判官堆霍兹乌施，他是一个焚书的狂徒，后来升任波兰大主教。他连哥白尼的亲戚朋友都看成眼中钉，恣意迫害，其中包括修士亚历山大·斯古尔捷特和女管家安娜。

斯古尔捷特虽是个修士，却信奉无神论，自己不做圣功，别人做圣功他还嘲笑。他对哥白尼十分钦佩，两人很快就成为知己。这就引起霍兹乌施和新任主教扬·丹提谢克的猜忌。丹提谢克是个很阴险的家伙，他看出如果《运行》出版，他所维护的神学殿堂就会土崩瓦解。于是，丹提谢克开始向哥白尼步步进逼。他首先要哥白尼和斯古尔捷特断绝往来遭到哥白尼的严词拒绝。斯古尔捷特后来遭到罗马教廷拘捕。

不久，丹提谢克又根据弗隆堡教长的告密，强迫哥白尼和安娜脱离关系。哥白尼和安娜同居已近十年，感情很深。哥白尼向丹提谢克这个无理的要求提出抗议，但丹提谢克胡说安娜已使哥白尼“失魂落魄”，为了他的“灵魂得救”，他勒令安娜立即迁出弗隆堡。哥白尼在悲愤之下，几次要扯下身上的僧袍，扬言要还俗。为了使哥白尼的写作工作能继续下去，安娜忍痛离开了箭楼。不久，她又被驱逐出境。

这一期间，罗马教廷对哥白尼的学说也很感惊慌。1533年，教皇克雷蒙七世曾叫人阐述“太阳中心学说”的基本原理。哥白尼学说的革命内容使教皇大为震惊，他决定想办法把哥白尼的手稿控制起来。1536年，一个红衣主教写信向哥白尼索取手稿，哥白尼拒绝了。

意大利天文学家伽利略 （1564～1642年）曾经说过：“我一想起我们的教师哥白尼的命运，就感到心惊胆颤。”但是，教会的迫害并不能阻止《运行》的出版，哥白尼的斗争得到了不少人的支持。

1539年春天，一个青年学者带着许多珍贵的书籍，千里迢迢地来到弗隆堡，拜哥白尼为师。他就是德国威滕堡大学的数学教授列提克，后来成为哥白尼唯一的门生。在列提克的鼓励和支持下，哥白尼很快就振奋起来了。他们一起修订《运行》的原槁，积极准备出版。这时，丹提谢克听说哥白尼收留了一个“邪教徒”，就命令搜查修士们的住宅，看看“是否藏有充满路德教派毒素的书籍”。

积极支持哥白尼出版 《运行》的，还有他的朋友铁德曼·吉哲，铁德曼当初是弗隆堡的修士，早就了解哥白尼并一直支持他的科学研究工作。后来，铁德曼升为柳瓦巴教区的主教。他看到哥白尼的困境，就邀请哥白尼和列提克到柳瓦巴教廷作客，以便他们集中精力完成定稿工作。丹提谢克立即对铁德曼进行恫吓，宗教裁判官霍兹乌施还说在铁德曼的著作里发现了什么“荷兰邪教”，企图加罪于他。

这时，哥白尼的学说在社会上也引起了不少的非难。新教徒 （路德派）比旧教徒更为敌视哥白尼的学说。马丁·路德曾挖苦说：“这个傻瓜想要推翻整个天文学！”《宗教宣言》的执笔人菲利普·梅兰赫东也指责哥白尼“不顾眼前的事实而想入非非。”

在埃尔布郎格城里还上演了一幕闹剧。它讽刺一个装腔作势的天文学家把自己的著作锁在柜子里，满嘴胡言乱语，最后被魔鬼套上大车送进了地狱。这个剧本当然是影射哥白尼的。原来，哥白尼那篇阐明当时连续出现彗星完全是大自然的现象、和人们的生活毫不相干的论文的发表，得罪了教会，教会就采取这种卑鄙的伎俩对哥白尼进行公开的侮辱。

尽管环境很险恶，哥白尼并没有妥协。1541年，他最后下决心将他的著作付印。

哥白尼将他几十年来心血的结晶——《运行》的手稿，交给他的朋友柳瓦巴教区的主教铁德曼，铁德曼又转交列提克。列提克因被来比锡大学请去教书，便将这本书的出版工作交给他的朋友、纽伦堡的一个出版商奥塞安德尔。奥塞安德尔曾学过天文学，他在领袖梅兰赫东的授意下，窜改了原稿，删减了哥白尼学说的一些内容，力求使科学迁就当时社会的旧有认识。

1543年5月24日，当这部巨著印好并送到弗隆堡时，久病的哥白尼已危在旦夕。御医梭尔法把书放到被子上，并把哥白尼的手放到书上，哥白尼用他的无力的手痉挛地抓住书本。哥白尼已到弥留的时刻，一小时以后他就与世长辞了。

《运行》带着遍体鳞伤，在人世间流传了300多年。

直到19世纪中叶，《运行》的原稿才在布拉格一家私人图书馆里被发现。1873年，出版了增补哥白尼原序的《天体运行》，但有关原子说的章节仍未补入。1953年，《天体运行》出第四版时，才全部补足原有的章节。这时哥白尼已经逝世了410年